Lấy bối cảnh ở Nhật Bản thời hiện đại, “House of Ninjas” kể câu chuyện về gia đình Tawara, gia tộc ninja cuối cùng. Nó đã từ bỏ cội nguồn sau một sự cố trong quá khứ, nhưng giờ đây gia đình phải đối mặt với cuộc khủng hoảng lớn nhất trong lịch sử Nhật Bản, một cuộc khủng hoảng có nguy cơ làm rung chuyển đất nước đến tận cốt lõi.