Sự kết thúc của cuộc chiến quỷ đã kết thúc và bây giờ Flower Division đã có thể nghỉ ngơi sau trận chiến của họ. Sakura Wars thứ hai phát triển các nghiên cứu về mọi Tổ hợp Hoa trong mỗi tập phim trong khi họ thực hiện cuộc phiêu lưu gian khổ quanh Nhật Bản.